Laboratoire ACEGID à l'Université Redeemers, NigeriaCredit: Paul Adepoju
Lorsque le variant Omicron du SRAS-CoV-2 a été détecté pour la première fois au Botswana et en Afrique du Sud, un certain nombre de décisions ont été prises par un certain nombre de pays occidentaux. Le Canada a d'abord exigé des voyageurs en provenance d'Afrique du Sud et d'un certain nombre d'autres pays africains, qu'ils obtiennent un résultat négatif au test COVID-19 d'un pays tiers avant d'être autorisés à entrer sur son territoire.
Des scientifiques ont été appelés à expliquer l'inefficacité de cette décision. Christian Happi, professeur de biologie moléculaire et de génomique et directeur du Centre d'Excellence Africain pour la Génomique des Maladies Infectieuses (ACEGID) à l'Université Redeemer au Nigeria, a qualifié cette politique de discriminatoire et de ridicule.
"Si le Canada accepte l'existence d'Omicron qui a été détecté, testé et séquencé dans des pays africains, il est alors ridicule qu'il n'accepte pas les tests de ces pays", a-t-il déclaré.
Les efforts de recherche en génomique en Afrique
Happi et son équipe font partie d'un réseau de laboratoires à travers le continent qui effectuent le séquençage génomique pour les maladies infectieuses, et entreprennent une surveillance pour informer les politiques de santé publique sur la pandémie de COVID-19.
Grâce à ce réseau, les pays africains peuvent suivre le virus SRAS-CoV-2 et sont en mesure d'identifier rapidement l'émergence de nouveaux variants importants pour la santé publique. Il a joué un rôle déterminant dans le séquençage génomique actuel, étant le premier à détecter les variants Beta et Omicron du virus, orientant les réponses de santé publique au niveau mondial.
"La forte coopération entre les pays africains pendant cette pandémie est magnifique", a déclaré M. Happi.
Parmi les dix pays africains ayant le plus grand nombre de séquences partagées conservées sur la plateforme GSAID et représentant environ 76 % du total des séquences africaines, seuls trois sont situés en Afrique de l'Ouest, la région ne représentant qu'environ 10 % du total des séquences du continent. En Afrique de l'Ouest, le Nigeria représente à lui seul près de 60 % des séquences.
Selon M. Happi, les capacités de dépistage disponibles ne sont pas pleinement utilisées, car le nombre de tests positifs enregistrés dans la région est inférieur à celui de l'Afrique du Sud.
Une analyse des données de séquençage génomique du continent a montré que si l'Afrique du Sud a rapporté le plus grand nombre de séquences provenant d'Afrique, plusieurs pays d'Afrique de l'Ouest séquencent des proportions plus élevées de leurs cas positifs que l'Afrique du Sud. La Gambie arrive en tête avec des séquences partagées pour environ 9 % de tous les cas confirmés dans le pays. Le Nigeria, quant à lui, possède des séquences pour près de 2 % de tous les cas positifs, contre 0,8 % pour l'Afrique du Sud.
Les capacités de la région continuent de se développer
M. Happi a fait remarquer qu'en renforçant les collaborations et les partenariats entre les laboratoires de la région et au-delà, il est possible d'améliorer la surveillance génomique et de répondre à plusieurs questions, notamment en revenant en arrière pour séquencer des échantillons testés précédemment afin de retracer la première apparition d'Omicron au Nigeria.
