COVID-19 virus SARS-COV-2, ARN enfermé dans une enveloppe protéique COVID-19 B.1.1.529 souche Afrique du Sud rendu 3dCrédit: CIPhotos/ iStock/Getty Images Plus
Des scientifiques sud-africains ont découvert des signes précoces d'un risque accru de réinfection associé au variant Omicron du SRAS-CoV-2, apportant des preuves épidémiologiques de la capacité de ce nouveau variant à échapper à l'immunité acquise lors d'une infection antérieure.
Une analyse des données de surveillance de routine de l'Afrique du Sud du 4 mars 2020 au 27 novembre 2021 montre que le profil de risque de ré-infection par le variant Omicron est sensiblement plus élevé que celui associé aux variants Beta et Delta au cours des deuxième et troisième vagues. Ces résultats ont été publiés sur la plateforme de prépublication, medrxiv.org, le 2 décembre 2021.
Anne von Gottberg, microbiologiste clinique au Centre des Maladies Respiratoires et de la Méningite de l'Institut National des Maladies Transmissibles d'Afrique du Sud, a déclaré qu'il était encore difficile de déterminer le taux de ré-infection, mais que les premières modélisations indiquaient un taux plus élevé.
Lors d'une conférence de presse organisée par l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) à la fin de la semaine dernière, M. Gottberg a déclaré que d’après les résultats des cas enregistrés jusqu'à présent dans le pays, la vaccination pouvait encore être efficace pour protéger les personnes contre la maladie grave causée par l'infection à Omicron.
L'Omicron, détecté pour la première fois au Botswana et en Afrique du Sud, est la dernière source de crainte et d'incertitude dans la lutte mondiale contre la pandémie de COVID-19. Elle a entraîné l'introduction par plusieurs pays occidentaux de restrictions de voyage pour les personnes en provenance d'Afrique.
Peter van Heusden, bioinformaticien à l'Institut national sud-africain de bioinformatique (SANBI), a déclaré à Nature Africa que le variant "semble être déjà assez répandu, ce qui signifie que les interdictions de voyage n'ont pas vraiment de sens".
Oyewale Tomori, professeur de virologie et président du Comité Consultatif Mnistériel d'Experts du Nigeria sur le COVID-19, a déclaré à Nature Africa que les prochains jours donneraient plus de temps aux scientifiques pour combler les lacunes nécessaires à une meilleure compréhension de la maladie et à un contrôle approprié.
Suivre l'Omicron
Selon le Groupe consultatif technique de l'OMS sur l'évolution du virus SRAS-CoV-2 (TAG-VE) ces dernières semaines, les infections ont connu une forte augmentation, coïncidant avec la détection du variant B.1.1.529. Omicron a été décrit comme présentant plus de 50 mutations, parmi lesquelles la protéine spike du virus, responsable de l'entrée du virus dans les cellules hôtes, contient à elle seule plus de 30 mutations. De même, de multiples mutations sur l'ensemble du génome du virus ont été signalées pour ce variant.
Bon nombre des nouvelles mutations d'Omicron ne sont pas encore bien caractérisées et n'ont pas été identifiées dans d'autres variants en circulation. D'autres études sont nécessaires pourdéterminer l'effet des mutations sur la capacité du virus à se transmettre, sur l'efficacité du vaccin et la réponse immunitaire, et sur l'issue de la maladie.
Ce développement a également un effet potentiel sur les tests. L'OMS a noté que si les diagnostics PCR actuels du SRAS-CoV-2 continuent de détecter ce variant, plusieurs laboratoires ont indiqué qu’avec un test PCR largement utilisé, l'un des trois gènes cibles n'est pas détecté (appelé S gene dropout ou S gene target failure). Ce test pourrait donc être utilisé comme marqueur de ce variant, en attendant la confirmation par séquençage.
Efforts progressifs en Afrique du Sud
En mai 2020, l'Afrique du Sud a créé le Network for Genomic Surveillance South Africa (NGS-SA), un vaste réseau d'institutions universitaires, de laboratoires privés et des National Health Laboratory Services (NHLS), pour répondre à la pandémie. Il effectue des recherches sur la génomique, la virologie, les aspects cliniques de la maladie, les diagnostics, les vaccins et l'infection préalable.
Willem Hanekom, directeur de l'Africa Health Research Institute (AHRI) à KwaZulu-Natal, en Afrique du Sud, et l'un des responsables du NGS-SA, a déclaré que le profil clinique du variant était encore inconnu. "Certaines personnes disent que la maladie est moins grave, mais nous devons être très prudents, nous ne le saurons que dans environ deux semaines", a-t-il déclaré.
M. Gottberg a expliqué que 249 séquences génomiques avaient été effectuées jusqu'à présent en Afrique du Sud après la découverte et 183 étaient positives pour le variant Omicron au moment de l'entretien avec Nature Africa. "Les cas vont augmenter de manière exponentielle, et un système est en place pour vérifier les ré-infections ».
Marietjie Venter, responsable du Programme sur les Zoonoses et les Virus Respiratoires au Centre des Zoonoses Virales, département de virologie médicale à l’Université de Pretoria en Afrique du Sud, a observé que des cas d'Omicron dans certains pays n'avaient aucun lien avec l'Afrique du Sud, ce qui suggère qu'il avait déjà circulé largement ailleurs sans être détecté.
Venter a déclaré : "Chacune des vagues précédentes en Afrique du Sud a été causée par un variant différent qui a supplanté le variant précédent. Le niveau élevé d'immunité de la population naturelle après chaque vague suggère que l'immunité naturelle ne dure pas longtemps, ou ne fournit pas une protection suffisante contre le variant suivant."
Abdou Salam Gueye, directeur régional des urgences de l'OMS pour l'Afrique, a déclaré que seulement 102 millions de personnes en Afrique (7,5% de la population) ont été entièrement vaccinées. "Plus de 80% des personnes n'ont pas reçu une seule dos
